Monitor COVID19 Uruguay

Coronavirus en Uruguay.



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Nota 12 de abril 2020:

30 días de COVID-19 en Uruguay

¿Qué se puede inferir de la evidencia disponible?
Un breve análisis desde la perspectiva de un no especialista.

Hace dos semanas informaba que la epidemia estaba en una fase subexponencial. Hoy podemos apreciar que eso era así porque la curva de crecimiento estaba en su punto de inflexión, es decir que la epidemia estaba pasando su punto máximo de casos positivos diarios.

Un ajuste muy sencillo a los datos oficiales permite poner cierto orden en la información. Cabe aclarar que la pertinencia del ajuste utilizado se basa nada más y nada menos que en la experiencia acumulada por los epidemiólogos durante décadas de investigación con diferentes enfermedades contagiosas. De este ajuste se puede inferir que la primera ola de esta epidemia ya está pasando. Esto se puede apreciar de varias formas equivalentes: 1) La cantidad de casos acumulados estaría alcanzando una meseta de entre 500 y 650 a lo largo de las dos semanas que siguen; 2) La curva de casos activos llegó a un máximo de 309 el 29 de marzo y desde entonces solo a estado disminuyendo (más allá de ciertas fluctuaciones esperables), esto se debe a que la cantidad de personas que se recuperan es levemente mayor a la cantidad de nuevos positivos; 3) De forma similar la curva de casos nuevos cada día (derivada de la curva de acumulados) alcanzó un máximo de 23 positivos diarios el día 25 de marzo. 4) La tasa de crecimiento diario (en promedio semanal) se ha reducido en forma casi monótona en las últimas tres semanas, desde un 61% al final de la primera semana, hasta un 3% actual; 5) Equivalentemente, el tiempo de duplicación (es decir, el tiempo que demora la epidemia en duplicar los casos acumulados), ha venido aumentando de forma monótona, al final de la primera semana la epidemia se estaba duplicando cada 1,5 días, ahora la epidemia estaría demorando 3 semanas en duplicarse.

¿Es esto realista? ¿y quiere decir que ya estamos quedando libres de COVID-19 y listos para dejar el confinamiento en las próximas dos semanas?

No y por supuesto que no.

Respuestas que dejan más preguntas: ¿Por qué no es realista? y ¿para qué sirve todo el análisis anterior?

¿Por qué no es realista? El problema del subregsitro y otros problemas metodológicos.
Por múltiples razones metodológicas la cantidad de casos positivos oficiales no refleja la cantidad de real de infectados en el país. El problema del subregistro existe en todo el mundo. Hay evidencia que demuestra que esta enfermedad se propaga a través de personas asintomáticas o levemente sintomáticas que no son diagnosticados y por lo tanto no caen dentro del radar de los números oficiales. Esto ocurre en Uruguay y en todos los países del mundo, hay muchos más infectados reales de lo que dicen los números oficiales a nivel global. Por otra parte los criterios no son uniformes en diferentes poblaciones ni lo han sido a lo largo del tiempo. Existe sesgo económico,e s decir se han registrado más casos positivos en las clases altas que en las clases bajas. Además de las incertidumbres en la cantidad total de infectados, los datos presentan también grandes incertidumbres en el eje del tiempo, es decir, los positivos anunciados un cierto día incluyen personas en diferentes fases de la enfermedad, lo cual desde el punto de vista epidemiológico no está ni cerca de ser lo ideal para seguirle el pulso a la propagación de la epidemia.

¿Para qué sirve todo el análisis anterior?
En primer lugar, los datos oficiales corresponden a cierta fracción de infectados, son como la punta de un iceberg cuya evolución permite, hasta cierto punto, determinar el comportamiento del iceberg completo. La relación entre la cantidad real de infectados y la cantidad oficial de positivos es el factor de subregistro, y se puede acotar de varias formas. Una primera forma es analizar otros indicadores que son más robustos, como lo son la cantidad de hospitalizados y la cantidad de fallecidos. Estos números, ha pesar de tener sus propios problemas de conteo (no es lo mismo un muerto "con" coronavirus, que un muerto "por" coronavirus y no siempre se hace tal distinción), aportan un grado mayor de certidumbre. Si el subregistro en Uruguay fuera grave, entonces la cantidad de hospitalizados y de fallecidos deberían ser muy superiores a los actuales. Veamos lo que ocurre en algunos de los países con mayor cobertura de diagnósticos, como son Islandia, Alemania, Japón y Corea del Sur. Estos países presentan factores de mortalidad por COVID-19 (en relación a la cantidad de positivos oficiales acumulados) del 0,5%, 2,3%, 1,6% y 2,0%, respectivamente. Uruguay está en 1,4% (y podría llegar al 3% en una proyección pesimista). Por supuesto que es muy difícil comparar el impacto de una enfermedad en poblaciones tan diferentes, pero estas comparaciones son muy útiles para situarnos en términos de órdenes de magnitud (no es lo mismo hablar de 0,1% que de 10%). Lo que podemos decir que es que el subregistro de Uruguay no es muchísimo peor que el que presentan otros países. Si quisiéramos tomar una cota podríamos compararnos con el caso extremo, que sería Islandia (y tomar como hipótesis que las cifras oficiales en Islandia reflejan bastante bien las cifras reales, gracias al alto número de diagnósticos realizados). De ese modo el factor de subregistro en Uruguay podría estimarse entre 3 y 6. Es decir que para obtener una estimación de la cantidad de casos reales en Uruguay, habría que multiplicar los casos oficiales por un número que está entre 3 y 6. Otra forma de acercarnos al factor de subregistro sería comparar la cantidad de casos positivos entre los prestadores de salud privados y los públicos dentro de Uruguay. Bajo la hipótesis de que las pruebas realizadas por los seguros médicos privados refleja muy bien la cantidad real de infectados en las clases altas, entonces la proyección al resto de las franjas económicas arroja que el factor de subregistro total estaría entre 3 y 4. Las dos estimaciones, muy diferentes, ofrecen sin embargo estimaciones del mismo orden de magnitud. Para fijar ideas entonces digamos que el factor de subregistro (f) es del orden de 4 (+- 2). Entonces si f se ha mantenido en ese valor (o ha fluctuado dentro del margen dado) a lo largo de las primeras 4 semanas de la epidemia en Uruguay, lo que podemos afirmar es: 1) que la evolución de la tasa de crecimiento es la misma para los casos oficiales que para los casos reales; 2) que la forma de la curva de crecimiento es prácticamente la misma; 3) que la tasa de crecimiento real se ha reducido del 61% al 3%, y 4) que estaríamos llegando a una meseta en la cantidad de casos acumulados reales.

De acuerdo con todo lo anterior la primera ola de coronavirus ya estaría pasando y parecería estar bajo control. Entonces ¿ya estamos listos para levantar las medidas de contención? No, absolutamente que no. ¿Por qué?
Analicemos la situación en la que estamos según dos escenarios posibles:
1) Primer escenario: Los datos oficiales coinciden exactamente con la cantidad real de infectados (que ya mostramos que es un cuento de hadas). Entonces estaríamos por llegar a una meseta de 650 personas que en algún momento estuvieron enfermas de COVID-19.
2) Segundo escenario: El factor de subregistro es más o menos el que estimamos antes, entre 3 y 6. Entonces la cantidad total personas que se enfermaron de COVID-19 tendría su meseta entre 1950 y 3900.
Lo que muestran estos números, bajo cualquiera de los dos escenarios (incluso si el factor de subregistro fuera todavía mayor), es que la inmensa mayoría de la población sigue siendo susceptible a la enfermedad. Incluso si quisiéramos fantasear con la idea absurda de que todos los parámetros están rotos en Uruguay y que en realidad le estamos errando por un facto de 100, así y todo la población susceptible, aquella que nunca tuvo contacto con la enfermedad y que sigue indefensa ante la misma es superior al 99%. Es decir que estaríamos muy lejos de alcanzar algo parecido a una inmunidad de rebaño, o inmunidad colectiva, que hace que las enfermedades circulen dentro de las poblaciones con mucho menor impacto.

Brote y segunda ola.
En resumen, la buena noticia del muy lento avance del coronavirus, encierra en sí misma la mala noticia de que a nivel país estamos tan indefensos como al principio. Esto quiere decir que una relajación descuidada o irresponsable de las medidas puede generar un rebrote de la epidemia, es decir, provocar que el goteo de casos diarios se transforme en crecimiento descontrolado, trayendo una segunda ola que podría ser más grande que la primera.

Bajo este panorama, ¿cómo se debería proceder a partir de ahora? ¿Alguna idea?




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MONITOR COVID-19 URUGUAY:

Numero oficial de personas reportadas con COVID-19, según datos del Ministerio de Salud Pública de Uruguay, con actualización diaria.

La tabla de datos se puede acceder libremente aquí.

Clave:
N - Cantidad de positivos Nuevos cada día.
C - Total Cumulativo de positivos.
R - Total de personas Recuperadas.
F - Total de Fallecidos
I - Total de positivos Activos.
T - Tasa de crecimiento diario: \(T = \frac{I(t)}{I(t-1)} = \frac{N}{I}\)
Ts - Tasa de crecimiento diario (promedio semanal): \(Ts = \sqrt[7]{\frac{I(t)}{I(t-7)}}-1\)
Td - Tiempo de duplicación (cantidad de días que deben pasar para duplicarse la cantidad de infectados): \(Td = \frac{log(2)}{log(1+Ts)}\)







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Nota 2 de abril 2020:

Crecimiento subexponencial de #coronavirus en Uruguay.
La velocidad de expansión de una epidemia no se mide por el número absoluto de casos, sino por la tasa de crecimiento (el cociente entre la cantidad de casos nuevos y el total).
El día 15 de la epidemia de COVID-19 en Uruguay (29/3), fue el último día en el que el crecimiento exponencial y el lineal presentaron la misma bondad de ajuste: r=0.997 para ambos modelos.
Cinco días después los datos han seguido claramente una tendencia lineal (o subexponencial). Otra forma de entenderlo es que la tasa de crecimiento está disminuyendo todos los días desde el comienzo de la epidemia.
Hace 10 días la tasa promediada semanal de crecimiento diario era del 28% y hoy es del 6%.
Esto es completamente atípico en comparación con lo que está ocurriendo en la gran mayoría de los países donde las tasas de crecimiento son sostenidas día a día y rondan entre el 30% y el 50% diario.
Esto no significa que continuará así indefinidamente. Todavía no es posible saber cuándo cambiará y en cuánto.
Lo que sí es claro es que una forma de pasar rápidamente a un crecimiento exponencial sería relajar las medidas de contención.
Por eso #QuedateEnCasa #DistanciamientoSocial #LavateLasManos





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Nota 28 de marzo de 2020:

Los pocos datos que tenemos hasta el momento sobre COVID-19 en Uruguay, nos permiten afirmar algo con bastante certeza, y es que todavía no estamos en condiciones de extrapolar y predecir el comportamiento de la epidemia y el número de casos en las próximas semanas.





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GUÍA COVID-19 URUGUAY (aquí):

GUIAD-COVID-19 es un grupo de científicos e investigadores uruguayos de diferentes disciplinas e instituciones con el objetivo de aportar en la mitigación del impacto del COVID-19 a partir del análisis de datos relacionados con esta enfermedad.




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Monitor COVID-19 Uruguay del Institut Pasteur de Montevideo (aquí):




Monitor Global COVID-19 (aquí)
Para un seguimiento global, por países y regiones, sobre la evolución de la enfermedad COVID-19 (producida por el virus SARS-CoV-2), se puede consultar el monitor de la Johns Hopkins University:

Coronavirus COVID-19 Global Cases by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University (JHU)





Más estadísticas globales sobre COVID-19:
https://www.worldometers.info/coronavirus/


Más artículos sobre COVID-19 en este blog, accede aquí:
http://fisicamartin.blogspot.com/search/label/COVID19




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Comentarios

  1. Tu blog es excelente. Mi nombre es Manuel O. Díaz (Biólogo) y estuve siguiendo el curso de la epidemia con un amigo, Eduardo Ríos (Biofísico). Eduardo hizo varios gráficos parecidos a los tuyos, y otros comparando número de casos activos vs. casos testados en distintos países incluido Uruguay. Si bien es difícil predecir el curso de la epidemia, parecería que los países que testan más (en proporción a la población total), como S. Corea, consiguen reducir la transmisión con identificación de casos positivos y seguimiento/aislamiento de los contactos, con menores rebrotes esporádicos controlados rápidamente. Esto exige un esfuerzo sostenido, con un costo económico alto, pero muchísimo menor que el causado por una epidemia rampante esperando alcanzar inmunidad de rebaño (que sobrepasaría los sistemas de asistencia médica), o el de una cuarentena general obligatoria (con detención de la producción economica). Cuanto tiempo habría que mantener esta estrategia? Hasta que aparezca una vacuna (alrededor de 2 años?). Luego las cosas dependen de otras variables como la frecuencia de mutación del virus a nuevas cepas que puedan requerir cambios en las vacunas, como sucede con la influenza.

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  2. Hola. Me pareció un excelente análisis. Creo que hay dos factores más (al menos) a considerar. 1- se demostró que el virus ingresó +/- el 20/2/2020. Por lo que hay 22 días antes del evento Carmela. ¿Que pasó ahí?
    2- la tasa de Mortalidad está en revisión, con tendencia a confirmarse que es menor de lo estimado inicialmente, mucho menor.
    Agrego un tercer punto de análisis: habían miles de problemas de salud y causas de mortalidad antes del COVID19, durante y después. ¿Cómo se comportarán las tasas de mortalidad de todas esas patologías luego? Luego habrá que medir esas variables. Tal vez sea peor el remedio (cuarentena) que la enfermedad, por la posibilidad que la mortalidad de todas esas otras enfermedades sea peor luego, el futuro lo dirá.

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  3. 1-No hay pruebas de que #quedate en casa sirve. Al contrario.
    Los datos hoy dan para predecir que el lockdown es irrelevante en todos los países del mundo donde se aplicó.
    3- la prevalencia del virus es como cualquier gripe, pico de +-6 semanas y desaparece (o se genera inmudidad de masas).
    4- ni la distancia, ni las mascarillas, ni el lockdown sirven (excepto población de riesgo, +75 +comorbilidades)

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    1. Gracias, Leo, por los comentarios. Creo que la evidencia disponible hasta el momento está mostrando que las cifras de infectados y fallecidos serían al día mucho mayores si no se hubieran aplicado las medidas sanitarias. Si la situación actual parece leve, es precisamente porque se tomaron las medidas de distanciamiento. Que las cifras sean bajas en muchos países como el nuestro no significa que la enfermedad fue sobrestimada y las medidas exageradas. Todo lo contrario, demuestran que las medidas fueron oportunas y por eso estamos como estamos. Sobre la distancia y las mascarillas, hay también evidencia científica que muestran su efectividad para la reducción del contagio de esta y de muchas otras enfermedades. Saludos.

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